تولید کنندگان کود مایع فسفات پتاسیم اکنون سنگ فسفات را بر اساس محتوای کادمیوم انتخاب می کنند. فلوراید
سنگ های فسفاته حاوی مقادیر زیادی فلوراید هستند. در نتیجه، استفاده گسترده از کودهای فسفاته باعث افزایش غلظت فلوراید خاک شده است.
مشخص شده است که آلودگی مواد غذایی از کود چندان نگران کننده نیست زیرا گیاهان فلوراید کمی از خاک انباشته می کنند. بزرگترین نگرانی احتمال سمیت فلوراید برای دام هایی است که خاک های آلوده را می بلعند.
همچنین اثرات فلوراید بر میکروارگانیسم‌های خاک یکی از نگرانی‌های احتمالی است. محتوای رادیواکتیو کودها به طور قابل توجهی متفاوت است و هم به غلظت آنها در ماده معدنی اصلی و هم به فرآیند تولید کود بستگی دارد.
غلظت اورانیوم می تواند از 7 تا 100 pCi/g (پیکوکیری در گرم) در سنگ فسفات و از 1 تا 67 pCi/g در کودهای فسفاته متغیر باشد.
در جایی که میزان بالای کود فسفر سالانه استفاده می شود این می تواند منجر به غلظت اورانیوم 238 در خاک و آب های زهکشی شود که چندین برابر بیشتر از حد معمول موجود است.
با این حال، تأثیر این افزایش ها بر خطر سلامتی انسان در اثر آلودگی رادینوکلیدی غذاها بسیار ناچیز است (کمتر از 0.05 mSv/y).
ضایعات صنعت فولاد که به دلیل سطوح بالای روی (که برای رشد گیاه ضروری است)، به کود بازیافت می شوند، ضایعات می توانند شامل فلزات سمی زیر باشند:
سربآرسنیک، کادمیوم، کروم و نیکل. رایج ترین عناصر سمی در این نوع کود عبارتند از جیوه، سرب و آرسنیک. این ناخالصی های بالقوه مضر را می توان حذف کرد.
با این حال، این به طور قابل توجهی هزینه را افزایش می دهد. کودهای بسیار خالص به طور گسترده در دسترس هستند و شاید بیشتر به عنوان کودهای بسیار محلول در آب حاوی رنگ های آبی مورد استفاده در خانه ها مانند Miracle-Gro شناخته می شوند.
این کودهای بسیار محلول در آب در تجارت مهدکودک مورد استفاده قرار می گیرند و در بسته بندی های بزرگتر با هزینه بسیار کمتر از مقادیر خرده فروشی در دسترس هستند.
برخی از کودهای گرانول باغچه ارزان قیمت از مواد با خلوص بالا ساخته می شوند. کمبود مواد معدنی توجه به کاهش غلظت عناصری مانند آهن، روی، مس و منیزیم در بسیاری از غذاها طی 50 تا 60 سال گذشته مورد توجه قرار گرفته است.
شیوه های کشاورزی فشرده، از جمله استفاده از کودهای مصنوعی اغلب به عنوان دلایل این کاهش پیشنهاد می شود و کشاورزی ارگانیک اغلب به عنوان راه حل پیشنهاد می شود.
اگرچه بهبود عملکرد محصول حاصل از کودهای NPK به عنوان رقیق کننده غلظت سایر مواد مغذی در گیاهان شناخته شده است بسیاری از کاهش اندازه گیری شده را می توان به استفاده از گونه های گیاهی به تدریج با بازده بالاتر نسبت داد که غذاهایی با مواد معدنی کمتر تولید می کنند.
